Tom et Jerry, qui se sont apparemment réconciliés, vivent dans une ferme du Kansas avec Dorothy, son chien Toto, la tante Em et l’oncle Henry. Leur vie tranquille est bouleversée par l’apparition d’une tornade qui emporte Dorothy, puis ses amis. Tom et Jerry se retrouvent transportés dans un monde magique. A leur arrivée, Dorothy a disparu. Le chat et la souris se mettent en quête de leur amie…